Ahhoz, hogy a szénhidrátok a szervezet számára felhasználhatóvá váljanak, előbb emészthető állapotba kell hozni őket. Az emésztési folyamat helyszíne a tápcsatorna. Az összetett szénhidrátok emésztése a nyálban, a bélnedvben és a hasnyálmirigy emésztőnedveiben található enzimek hatására jön létre. Az összetett szénhidrátokhoz tartoznak a táplálékban lévő, nem emészthető élelmi vagy diétás rostok is. Ezek az emésztő enzimek hatásának ellenállnak, és gyakorlatilag alig hasznosulnak, a széklettel távoznak.

A keményítőt a ptialin, a nyálban található enzim kezdi el bontani. Az enzim pH-optimuma 6,7, tehát ennél a vegyhatásnál működik legnagyobb hatásfokkal. Ebből kifolyólag az igen savas vegyhatású gyomorba kerülve működését a gyomorsav gátolja. A vékonybélben a hasnyálmirigy által kiválasztott alfa-amiláz bontja a poliszacharidokat, ennek következtében oligoszacharidok keletkeznek: maltóz, maltotrióz és néhány más polimer.

A vékonybélbolyhok külső sejthártyájában található oligoszacharidázok tovább bontják az oligoszacharidokat, így végtermékként glükózmolekulák alakulnak ki. Ezeknek egy része helyben, másik része csak egy távolabbi bélszakaszon szívódik fel.

A táplálékkal felvett diszacharidokat a laktáz és a szacharáz bontja. Ezen enzimek hiányakor alakul ki a tejcukor-érzékenység, mikor a laktóz (tejcukor) nem tud lebomlani. Fő tünete a tej fogyasztását követően kialakuló hasmenés, haspuffadás.

A vékonybélben a legtöbb cukor felszívódik, így bejut a vérkeringésbe. A cukrok bélben történő szállítását az inzulin alig befolyásolja.